巻き肩と肩こり、寝る時の体勢が原因でしょうか？

頚椎椎間板症などの頚椎疾患が疑われますが、直接拝見して調べないとなんとも申し上げようがありません。整形外科の専門医を受診して精査していただきましょう。巻き肩というのはあまり医学的には根拠はないと思います。

猫背 のような姿勢によって 肩こりが起こりやすいということはあると思います。 姿勢をよくするということは 日頃から心がけていただくと良いでしょうし、体幹トレーニングなども行うことによって良い姿勢を保ちやすくなるということもあると思います。

なる姿勢が極端であると、問題になる可能性はありますが、それだけでは巻き肩の進行にはならないと考えます。

就眠時においては眠りやすい体勢でいても問題はないと思います。
肩関節が固くならないように、肩関節の可動域訓練は重要です。肘を伸ばした状態で円を描くように肩関節をゆっくり大きく回してください。疼痛に応じて円の大きさを変えてください。
脊椎に負荷がかからないストレッチも効果的です。背もたれのある椅子に座って万歳をするように背伸びをしてみます。そのまま体を左右に倒します。組んだ手を前方90°に下ろして、肘を少し曲げた状態で体を左右にひねります。
ゆっくりとした動きで疼痛を誘発しないように少しずつ行ってみてください。

とりあえず日中だけでもある程度姿勢に注意していただければねているときの姿勢はあまり問題とならないことはあると思います

さほど気にしないで、寝やすい体勢で就寝をされればよいでしょう。